Organo giudiziario di secondo grado, attivo nello Stato sabaudo in due periodi, nell’  ancien régime  (1560-1798) e alla restaurazione (1814-22). Giudici di secondo grado operavano in Piemonte già in precedenza, come appare negli statuti di Carlo III del 10 ottobre 1513. Il duca Emanuele Filiberto pose a capo dell’amministrazione della giustizia nelle province piemontesi nuovi magistrati, i prefetti, con una serie di patenti degli anni 1560-1561. In ogni prefettura le ragioni del fisco erano rappresentate da avvocati fiscali. I prefetti, organi monocratici, giudicavano in primo grado delle cause tra vassalli, tra vassalli e loro sudditi, tra comunità; la loro competenza principale consisteva però nel giudicare in appello sulle sentenze, civili e criminali, di valore eccedente le 50 lire, dei giudici ordinari delle terre immediate; nelle terre mediate il giudizio in appello restò riservato ai feudatari fino alla riforma del 1622. Nelle province di Vercelli e Biella le competenze dei prefetti furono esercitate dai collegi dei dottori delle due città. Le competenze dei prefetti restarono sostanzialmente immutate nel tempo; e vennero definite con precisione nelle costituzioni del 1723. Le prefetture crebbero invece via via di numero, prima per effetto di riassetti delle circoscrizioni delle province e poi, nel ‘700, in conseguenza di annessioni territoriali. Un primo assetto stabile le prefetture lo ricevettero con l’editto 12 agosto 1622 (Duboin, III, pp. 1444-45) di Carlo Emanuele I, che le fissò nel numero di dodici (Torino, Asti, Biella, Chieri, Cuneo, Ivrea, Mondovì, Pinerolo, Saluzzo, Savigliano, Susa, Vercelli), non più variato fino al 1723.
Altre competenze, anche amministrative, furono attribuite ai prefetti nel corso del tempo, a volte con carattere effimero. Così fu stabilito, con patenti 7 dicembre 1606 (Duboin, ivi), che il prefetto di Saluzzo dovesse giudicare in primo grado nelle cause di sale, gabella e tratta foranea. Il prefetto di Mondovì fu delegato con patenti 12 maggio 1652 (ivi, III, p. 1380) a esigere i diritti spettanti alla città; il prefetto di Asti cumulò, per effetto delle patenti 16 settembre 1713 (ivi, III, p. 1073), le residue competenze del referendario, cui intanto era subentrato l’intendente. Il vicariato della città di Torino, che aveva compiti di polizia, fu unito alla locale prefettura con editto 11 febbraio 1724 (ivi, III, p. 1387), ma con altro editto del 4 maggio 1735 fu nuovamente separato. Una riforma più durevole riguardò le giudicature delle città che erano sedi di prefettura: le giudicature furono unite alle rispettive prefetture con patenti 15 dicembre 1724; avverso le sentenze del prefetto che si pronunciava in primo grado come giudice ordinario era ammesso unicamente l’appello al senato. Con le patenti 12 luglio 1752 fu data ai prefetti la competenza per le contravvenzioni in materia di esportazione di grano all’estero; le loro sentenze in materia erano appellabili alla Delegazione sopra l’annona. Con patenti 20 maggio 1766 i prefetti poterono emettere sentenze di condanna al carcere fino a due mesi, in via direttissima e con rito sommario, contro oziosi, vagabondi, borsaioli e mendicanti. Poteri eccezionali contro sediziosi e malintenzionati furono infine dati ai prefetti e altri giusdicenti con manifesto senatorio 9 maggio 1796.
Le competenze dei prefetti vennero definite nelle costituzioni del 1723, con norme non più modificate nelle successive costituzioni del 1729 e 1770. Il prefetto era nominato dal sovrano ed esaminato dal senato. Egli esercitava un controllo generale sull’attività dei giudici ordinari della sua provincia; prima di assumere il proprio ufficio il giudice doveva presentare al prefetto le patenti di nomina; con cadenza triennale il prefetto visitava le giudicature della provincia per tenervi le assisie, ossia per esercitare il sindacato di controllo sull’attività del giudice; tale sindacato veniva svolto anche alla fine del mandato del giudice; con l’assistenza dell’avvocato fiscale e del segretario il prefetto giudicava su doglianze e reclami contro il giudice. Anche il prefetto era soggetto alle assisie o sindacato, cui provvedevano membri del senato alla presenza dell’avvocato fiscale generale. Accanto al prefetto stava un luogotenente; questi lo sostituiva in caso di assenza o infermità o ricusazione e in caso di vacanza dell’ufficio. Nella prefettura le ragioni del fisco erano curate dall’avvocato fiscale. Le sentenze del prefetto erano appellabili al senato.
Nel XVIII secolo le prefetture vennero più volte riorganizzate. In uno stato annesso al ‘regolamento delle provincie o sia dipartimento per le intendenze e prefetture’ del 1723 esse risultano in numero di quindici (vedi tabella). Nello stato unito ad analogo regolamento del 1729 esse furono elevate a ventuno per effetto della creazione di nuove province. L’editto 3 settembre 1749, che precisò i criteri delle assisie, stabilì anche la soppressione delle prefetture di Cherasco, Fossano e Savigliano. Con manifesto senatorio 17 agosto 1750 il territorio di ciascuna prefettura venne suddiviso in tre cantoni in funzione delle assisie; il sindacato del prefetto sui giudici si svolgeva nel corso del triennio nei tre cantoni. Con le costituzioni del 1770 furono create cinque nuove prefetture nei territori orientali del Piemonte di recente annessione; le prefetture salirono a ventitrè. Con le patenti 25 agosto 1786 le prefetture di Alessandria e Novara furono sostituite da un magistrato a carattere collegiale, il consiglio di giustizia; le prefetture furono così ridotte a ventuno (vedi tabella). Un manifesto senatorio del 29 agosto 1789 stabilì la ripartizione in cantoni per le assisie nelle province di Vigevano (un solo cantone), Novara, Pallanza, Tortona e Voghera (tre cantoni). Con altro manifesto del 2 luglio 1791 il senato unificò la provincia di Pallanza in un solo cantone per le assisie.

Alla restaurazione le prefetture vennero ricostituite con l’editto 21 maggio 1814. Nel 1816, con la creazione del senato di Nizza, furono insediati prefetti a Nizza e Sospello per l’unica provincia di Nizza. Con la riforma giudiziaria realizzata con l’editto 10 novembre 1818 in ciascuna delle quaranta province degli stati di terraferma si trovò costituita una prefettura o un consiglio di giustizia. Escludendo la Savoia le prefetture erano ventuno. Tre altre prefetture vennero costituite a Bobbio, Domodossola e Varallo Sesia, in sostituzione delle precedenti pretorie, per effetto delle patenti 24 novembre 1818. Le prefetture erano ora in numero di ventiquattro: Acqui, Alba, Aosta, Asti, Biella, Bobbio, Casale, Cuneo, Domodossola, Genova, Ivrea, Lomellina, Mondovì, Nizza, Pallanza, Pinerolo, Saluzzo, San Remo, Susa, Torino, Tortona, Varallo, Vercelli, Voghera.
Prefetture e consigli di giustizia cessarono di esistere alla fine del 1822, in conseguenza dell’editto 27 settembre 1822, n. 1392, che creò un nuovo organo uniforme per tutto lo Stato, il tribunale di prefettura, a carattere collegiale.