Le Agenzie dei beni nazionali furono istituite in ogni dipartimento della Cisalpina col proclama provvisorio di esecuzione dell’art. 154 della costituzione. Dipendevano inizialmente da una Amministrazione centrale dei beni nazionali residente in Milano, poi, disciolta questa, dal Commissario della tesoreria nazionale e dal Ministero delle Finanze a norma della legge 11 pratile A. VI/30 mag. 1798 (  Raccolta leggi Cisalpina  , t. V, p. 132). L’agente dipartimentale era incaricato di compiere, di concerto con le municipalità e l’amministrazione dipartimentale, le operazioni di censimento e stima dei beni e di notificarne pubblicamente la vendita all’asta, come da legge 29 messidoro a. VI/17 lu. 1798 (  Raccolta leggi Cisalpina  , t. V, p. 205).
Ristabilite dopo il ritorno dei francesi, le Agenzie furono con decreto 17 marzo 1802 poste alle dipendenze di un Economato generale dei beni nazionali residente in Milano e dipendente a sua volta dal Ministero delle Finanze, dal quale presero il nome di subeconomati (  Foglio repubblica italiana  , 1802, n. 21; vedi anche d. 3 maggio e d. 16 giugno 1802,  ibid.  , 1802, nn. 38 e 64).
Tutta la materia passò nel 1805 sotto la nuova amministrazione del demanio e diritti uniti (vedi Direzione del demanio e diritti uniti ).