Le commissioni di sanità, già istituite durante la seconda Repubblica Cisalpina, continuano a funzionare anche durante la Repubblica italiana.
Con decreto 5 sett. 1806 (  Bollettino del regno d’Italia  , 1806, n. 198, pp. 923 ss.) è istituita in ciascun dipartimento una commissione di sanità, con particolari competenze nel settore sanitario (epidemie, epizozie, polizia mortuaria). Era composta di funzionari e di un professore di medicina nominato di volta in volta. Dipendeva dal Magistrato di sanità di Milano e, per la sanità marittima, nei dipartimenti interessati, dal Magistrato di sanità marittima di Venezia, presieduto dal podestà di quel comune (  Bollettino repubblica italiana  , dd. 13 nov. 1804 e 19 ott. 1805,  ibid.  , 1804, n. 131;  Bollettino regno d’Italia  , 1805, n. 133, e d. 6 sett. 1806 cit.).
Lo stesso decreto 5 sett. 1806 istituiva in ciascun comune una deputazione di sanità, sotto la presidenza del podestà o del sindaco, con competenze relative alla salute e all’igiene pubbliche.