Dall'insediamento nell'isola, i viceré sabaudi instaurarono la prassi di ricorrere sempre meno al reggente la real cancelleria in materia di consulenza giuridica e politica, e di appoggiarsi invece ai loro segretari che, seppure funzionari regi, non avevano compiti specifici. L'istituto, informale e nato nella pratica, fu dapprima oggetto di sole istruzioni viceregie ma poi, divenuto uno degli uffici più importanti dell'isola ed indispensabile coadiutore del viceré, fu disciplinato con biglietto 12 apr. 1755 di Carlo Emanuele III. Sua funzione base era la trattazione degli affari di competenza del viceré e per i quali era collegata con le segreterie di stato ed i ministeri torinesi; per le sue mani passavano tutti gli affari politici e giuridici dell'isola e le più importanti pratiche amministrative. Tra i suoi compiti vi era la conservazione del proprio archivio, corrente e di deposito, per il quale il regio biglietto del 1755 istituì un'apposita sede. La Segreteria era retta da un segretario di Stato che era il consulente politico del viceré e che aveva alle dipendenze tre sottosegretari; nel 1819 fu riformata e divisa in cinque divisioni, delle quali una d'archivio retta da capi e sottocapi ed il cui personale era costituito da scrivani. L'ufficio fu soppresso nel 1848 ed il suo archivio, in contrasto col regio biglietto 10 sett. 1763, fu versato ai primi del 1850 nei regi Archivi, dove fu ordinata da Michele Martini.