Come negli altri dipartimenti, l'agenzia venne istituita in base al proclama 16 dic. 1797 col doppio compito di amministrare gli ex beni camerali e i beni derivanti dalle soppressioni delle corporazioni religiose e di altri enti e diritti. Durante la reggenza imperiale i due compiti vennero suddivisi però tra due apposite amministrazioni, e la suddivisione rimase anche dopo il ristabilimento della repubblica cisalpina; infatti l'agenzia, ripristinata, ebbe soltanto l'amministrazione dei beni derivanti dalle soppressioni, quella degli ex beni camerali spettando all'amministrazione dipartimentale poi al commissario straordinario del governo. Fu solo nel febbraio 1801 che l'agenzia riacquistò la pienezza delle sue competenze, per poi diventare però (decreto 17 mar. 1802) un ufficio decentrato provvisorio dell'economato generale dei beni nazionali in Milano. Finalmente, con decreto 28 giu. 1805, si ebbe una radicale ristrutturazione della materia e fu creata in ogni dipartimento una direzione del demanio e diritti uniti. Quella del Panaro, in virtù del decreto 7 dic. 1810 [Bollettino regno d'Italia, 1810, n. 279 ] vide macroscopicamente allargate le proprie competenze, assumendo anche quelle dell'allora soppressa direzione del demanio del dipartimento del Crostolo, la cui giurisdizione si era estesa a suo tempo anche all'ex dipartimento della Alpi Apuane (cfr. nota alla nota archivistica riguardante la sottopartizione Periodo napoleonico ), e incamerandone altresì per gran parte l'archivio. In quest'ultimo periodo si ebbe pure, nel suo ambito, un'agenzia dei beni della corona in Modena, dipendente dalla intendenza generale dei beni della corona in Milano